La prima chiesa dedicata al Santo Vescovo di Mira, Nicola, dipendeva dalla Pieve di S. Maria, in S. Anatolia, già dal XII secolo. Nel 1210 passò all’Abbazia di Sassovivo: sull’entrata laterale sinistra, l’Agnus Dei, ricorda l’appartenenza benedettina.

Dal 1446, divenne Pieve. Nicola, divenuto “di Bari” dopo la fortunosa traslazione dei suoi resti dalla Turchia, era venerato come protettore dei poveri e delle ragazze da marito. In Valnerina viene festeggiato il 6 dicembre, quando le“verginelle” preparavano piccoli pani da distribuire ai fedeli in ricordo delle generose doti matrimoniali offerte in segreto da Nicola a poverissime fanciulle, altrimenti votate al meretricio.

Il culto di S. Nicola, difensore della dottrina cattolica contro l’eresia ariana, fu importato in Valnerina dagli eremiti siriani nel corso del VI secolo. Non lontano da Scheggino s’aprono tra le rocce le “Grotte di San Fele”, ossia di San Felice, primitiva dimora dei due santi eremiti Mauro e Felice, anch’essi giunti dalla Siria per sfuggire alle persecuzioni degli ariani.

L’assetto attuale della Chiesa di S. Nicola, a tre navate, risale al 1572. Nel 1663, a offrire un riparo dalle inclemenze delle stagioni, venne aggiunto lo spazioso atrio. Nella navata sinistra, un importante affresco della Sacra Famiglia di Piermattia Gigli da Spoleto (1584), distaccato dall’antico palazzo comunale. Segue l’altare di S. Lucia, fatto costruire da Giovan Simone Ottaviani (sec. XVII), con la tela del perugino Pierino Cesarei raffigurante S. Antonio da Padova e S. Lucia, qui curiosamente vestita alla turchesca. 

 Altare di S. Filippo Neri, fatto costruire nel 1645 dal parroco D. Mattiangelo della nobile famiglia Amici di Scheggino, Protonotaro Apostolico e Vicario della S. Inquisizione: il Santo, rapito in estasi, indossa i paramenti liturgici; al suo fianco, un angelo regge un libro su cui si legge che, divinamente dotato d’intelletto spirituale, Filippo sarà istruito da Dio sulla via da seguire e Dio non distoglierà mai da lui il suo sguardo. La tela è attribuita al romano Gaetano Lapis, attivo in Valnerina. Sulla parete di fondo: Madonna del Rosario, opera di Pierino Cesarei (Perinus Cesarei perusinus pingebat 1595). La Vergine e il Bambino porgono le corone del rosario a S. Domenico e a S. Caterina da Siena, dalle cui stimmate emanano tenui effluvi di luce. Dinanzi a S. Domenico, un libro su cui si legge: “Prestate ascolto, figli, alla Regola del padre vostro sicché non abbiate a abbandonare la mia legge”.

Tra i volti dei fedeli che appaiono sullo sfondo, quello di Papa Sisto V.

Quando la tela fu dipinta, era ancora vivo il ricordo della vittoria di Lepanto (1571), che mutò le sorti d’Europa. Alla vigilia, Pio V aveva donato una corona del rosario a ciascuno dei combattenti della flotta cristiana. Entrando nell’abside, il tamburo è affrescato con tre soggetti: a sinistra la Natività con paesaggio, pastori sullo sfondo e due figure in ginocchio che parrebbero rappresentare il maestro e il discepolo autori degli affreschi. Al centro, un maestoso S. Nicola.

A destra, il Battista genuflesso indica l’antico tabernacolo di pietra murato nella parete durante il rifacimento cinquecentesco. Nella calotta dell’abside, l’Incoronazione della Vergine: Cristo depone la corona sul capo della Madre mentre Serafini alati intessono una mandorla di gloria attorno alle due figure, tra musici angelici e santi. Gli affreschi vennero commissionati dal Comune di Scheggino a Giovanni di Pietro, detto “Spagna”, l’8 aprile del 1526. Il maestro, che stava affrescando la Chiesa di S. Giacomo a Spoleto, tracciò l’impianto dell’opera e dipinse le figure più belle affidando i successivi lavori al discepolo Giovanni di Girolamo Brunotti. Interrotte per la peste e le razzie dei lanzichenecchi, reduci dal sacco di Roma, al comando di Sciarra Colonna, le opere furono concluse nel 1533, cinque anni dopo la morte dello Spagna, da Piermarino di Giacomo da Castel S. Felice.

 La peste continuò a infierire in Valnerina e, in occasione della grave epidemia del 1575, si sospettò l’opera di un untore: un fantomatico uomo corpulento e barbuto. Nella navata di destra, l’altare di S. Giovanni Evangelista, dedicato a ricordo di un miracolo: sul finire del ‘500, in uno dei tanti frantoi di Scheggino azionati dall’acqua del Nera, la pesantissima macina di pietra fuoriuscì improvvisamente dall’asse e, dopo una folle corsa, s’abbatté al suolo lasciando illesi gli operai. Il fatto miracoloso fu attribuito a S. Giovanni Evangelista, patrono dei “molinari” d’olio. Il Comune, nel 1585, decretò la costruzione dell’altare.  

La tela fu dipinta da Guidubaldo Abbatini, pittore del Palazzo Apostolico, grazie al generoso intervento del cardinale Fausto Poli da Usigni, il medesimo che fece aprire la strada che collegava le ferriere di Monteleone a Scheggino e s’adoprò perché venisse istituito il processo di beatificazione di Rita da Cascia. La grande tela, trasportata nel 1644 da un “mularo” locale di nome Andrea, raffigura la Vergine con Bambino e scapolare; sotto, S. Giovanni Evangelista sottoposto al supplizio dell’olio bollente, tra S. Rocco col bordone e la conchiglia di pellegrino a Compostela e S. Sebastiano, protettori dal flagello della peste nera, a quei tempi sempre incombente; in primo piano, a sinistra, S. Giacomo e, a destra, Papa Silvestro.

L’altare seguente, dedicato a S. Francesco d’Assisi, è detto “Del Perdono” perché, come recita la tabella, per concessione di Papa Pio VII, dal primo d’agosto fino ai vespri del giorno seguente vi si può lucrare l’indulgenza plenaria della Porziuncola. La tela raffigura Cristo tra Francesco e Carlo Borromeo. L’ultimo altare secentesco della navata destra, dedicato alla Madonna del Suffragio, è detto anche “Delle Anime Sante”: in basso, un’anima con in mano lo scapolare, sorretta da un angelo, abbandona le fiamme del Purgatorio e s’invola verso Maria che l’accoglie tendendole le braccia. L’uso dello scapolare, o “abitino”, della Madonna del Carmelo, nel Seicento era ancora assai diffuso: secondo la promessa fatta dalla Vergine a Simone Stok il 16 luglio 1251, il devoto osservante avrebbe ottenuto la liberazione della propria anima dalle pene del Purgatorio nel primo sabato successivo alla morte (“privilegium sabbatinum”, decretato nel 1322). In basso, è raffigurato Mattiangelo Amici, parroco di Scheggino, nell’atto di versare acqua sulle anime purganti, gesto allegorico che testimonia la fede nell’efficacia delle preghiere di suffragio per i defunti. Degne di attenzione sono le immagini settecentesche della Via Crucis, dipinte a fuoco su vetro.nel territorio di Scheggino (anni ‘60